我想原因就像mini大所說的，但其實有些軟體還蠻
"獨立"的。
對那些軟體來說所謂的安裝跟把檔案解壓縮以後建立路徑到桌面是一樣的意思。所以安裝到哪邊都無所謂的。例如遊戲軟體或者續傳軟體。
而有一些軟體和的系統相依性可能較高，如JRE，因為它提供的是一個系統環境。提供給JAR或者其他人寫的java程式一個執行平台，
那麼我會覺得使用預設路徑可能是比較好的選擇。
因為他要執行的是許許多多不同人寫出來的軟體，這些軟體有高明有低下，也許有的程式已經把路徑寫死，導致一些不可預期的問題產生。
但其實這類的軟體並不多，而且windows下的共用系統元件，也都會有一個標準資料夾在，如Common Files之類，因為已經有標準路徑，軟體安裝到哪邊並不影響運作。
另外windows下的檔案關聯在系統重新安裝後要重建也很容易，檔案總管中就可以設定了，而且很多軟體甚至只要啟動一次過後就會再次重新建立起來。並沒有太大的問題。
----------------------------自說自話分割線----------------------------
在我自己的電腦中，除了部分的軟體大部分都會安裝在其他分割區中，甚至Office軟體也是。一來省下備分設定檔的麻煩，再來省下系統重灌後的時間。
而我每次安裝完軟體後，經常會把軟體的一些路徑重設過。如續傳軟體的存放位置，我就會設定一個名為"download_temp"的資料夾，當作每個不一樣的續傳軟體或p2p軟體或其他下載軟體的固定存放位置，下載完成之後再一一按照檔案類型(音樂、影片、文件、圖片、其他...)去作分類放到它該去的地方。
或者各種通訊軟體的對話紀錄，我也會建立一個名為"通訊紀錄"資料夾，當中再分別建立MSN、yahoo、skype等的資料夾，然後把對話紀錄存放路徑重新指向。
習慣上我會一一檢視我安裝的軟體的路徑，如果有可以整合，方便我掌握系統的地方我就會作修改。
其實在其他非windows上的作業平台上，軟體安裝在哪邊通常都看使用者的喜好(或者心情?
)，path的問題常常在profile檔中就可以搞定。不過我猜，因為windwos上的程式幾乎都是binary型式，要改也不好改，大家安裝軟體使用預設路徑，可能只是不想徒增麻煩吧。以上只是我使用電腦的習慣。
話說回來，這又是一篇史萊姆風格的離題文嗎？