眼睛：
要檢查烏龜的頭部時，可用拇指和食指趁其不注意時扣住頭的後側，動作要很迅速，否則一旦讓其縮入殼內，要檢查就很難了。烏龜若脫皮太多，有可能是皮膚出了問題或者營養不均衡所致。
烏龜的眼睛應該是非常澄清、明亮，若發現有眼臉腫大及較多的淚液形成時，表示眼睛已經出了問題，而眼睛所顯現出來的臨床症狀，其發生的原因除了是眼睛本身問題，如感染、異物、角膜外傷或白內障之外較常看到是由於維他命A缺乏所引起的結膜炎，尤其是在發育期間最容易發生。
耳朵：
烏龜的耳朵並沒有像一般哺乳類的外耳部，它是位於眼睛後方的一個封閉的鼓室。耳朵常發生的問題為膿腫，膿腫有時會造成分泌液由歐斯泰交氏管進入咽喉的後方，結果往往造成附近組織有蜂窩組織炎，或者膿液會變成堅硬且濃縮的情形。
鼻：
烏龜若有呼吸道感染時，常常會發現鼻子前端濕濕的，仔細觀察有時還會有泡泡形成，甚至在嚴重時會有膿樣分泌物的產生，這種情況就必須趕緊處理，否則後果將很嚴重，甚至造成死亡。
嘴：
要檢查烏龜的嘴巴往往不是一件容易事，除非動作要很迅速，趁其不備時叩住頭的後側，否則一旦讓龜頭縮進殼，內要想再把它拉出來就很困難。如有必要檢查的情況下，不得已只好借助於麻醉一途。嘴巴打開之後要注意是否有紅斑、出血點、壞死、黃疸或乾酪樣的病，以做為疾病診斷的依據。