使用Windows的iTunes製作的媒體設備，其儲存的格式為VFAT，不支援NTFS。
使用Mac OS X的iTunes製作的媒體設備，其儲存的格式為HFS+。
Windows下，除非經常性把它當磁碟使用，而存取不是很大的檔案，否則不需要重組。
不過用iPod經常性當磁碟設備使用，光是DOCK就需要經常插拔，比USB這類接頭更容易損傷。
就算是在HFS+頂多驗證磁碟權限。
更改成NTFS，機器並不會壞，但保證iPod不能用，iTunes會問您是否要回復。
磁碟重組，我做過Windows下的整理以及Mac下的權限驗證，前者【應該】沒異常，後者絕對沒問題。
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