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其實是FAT 較快沒有錯，但是為了讓系統可以使用到 2GB 以上的硬碟空間，目前大部份人使用的都是 FAT32 而非 FAT16 (FAT)。
而 FAT32 的效能上並不是很好，它主要是為了支援大容量硬碟。
FAT32 推出時；Microsoft 就有說明 FAT 與 FAT32 的效能比較了，但是隨著晶片組的改良及新 ATA 標準及新硬碟的推出，其實之間的效能差別並不大。
如果 NTFS 與 FAT16/32 比較，以整體各項的值平均來說，NTFS 是較快而且較安全的。安全是因為 NTFS 的格式有一部份是用來保存原始值的，萬一中途停電時；系統也可以快速復原，也因為要這樣的一段空間來保存資料，所以做NTFS 格式化時你也會發現有一部份的空間無法使用，其實不是浪費了，而是NTFS 拿去用了。
在速度的比較上，如果只是讀取一個大檔案的動作來說，FAT32 會較 NTFS 快，但是我們實際操作上還得找檔案，開資料夾，就算是程式運作也會有搜尋及確定檔案存在的動作，因為 NTFS 的格式具有保存更多資訊的功能，所以搜尋上的速度非 FAT32 可及的，尤其硬碟愈大，檔案愈多時結果更明顯。
因為NTFS 可以由其 TABLE 中快速確定目標，但是 FAT32/FAT 得重頭到尾找過，如果檔案就在第一個，那當然快，如果是在最後，那就有得等了。
因為如此 Windows 95/98/ME ... 會建議你常常重組，因為重組程式會把系統檔案放到前頭，但是 NT/2000 對重不重組就較無所謂了。如果要在 FAT 與 NTFS 間選擇，建議還是 NTFS。
其實 NTFS 就是由 FAT 改良來的，也許也不能說是改良，但是排除了 FAT 的缺點重新設計的，因為有相容的問題得考慮 (如 DOS)，所以也不能把 FAT 放棄。
而 FAT32 也是基於相容及大容量的問題而產生的另一個檔案系統，它不是為了產生更好的效能設計的，是為了渡過 FAT 到 NTFS 的過渡期設計的。
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