FAT16、FAT32、NTFS是目前最常見的三種文件系統。
FAT16：我們以前用的DOS、Windows 95都使用FAT16文件系統，現在常用的Windows 98/2000/XP等系統均支持FAT16文件系統。它最大可以管理大到2GB的分區，但每個分區最多只能有65525個簇（簇是磁盤空間的配置單位）。隨著硬盤或分區容量的增大，每個簇所佔的空間將越來越大，從而導致硬盤空間的浪費。
FAT32：隨著大容量硬盤的出現，從Windows 98開始，FAT32開始流行。它是FAT16的增強版本，可以支持大到2TB（2048GB)的分區。FAT32使用的簇比FAT16小，從而有效地節約了硬盤空間。
NTFS：微軟Windows NT內核的系列操作系統支持的、一個特別為網絡和磁盤配額、文件加密等管理安全特性設計的磁盤格式。隨著以NT為內核的Windows 2000/XP的普及，很多個人用戶開始用到了NTFS。NTFS也是以簇為單位來存儲數據文件，但NTFS中簇的大小並不依賴於磁盤或分區的大小。簇尺寸的縮小不但降低了磁盤空間的浪費，還減少了產生磁盤碎片的可能。NTFS支持文件加密管理功能，可為用戶提供更高層次的安全保證。
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