以下節錄葉子的劣作"NTFS與FAT格式的認識",如果想要全文可以自行下載
http://netcity.hinet.net/Yehta/NTFS_FAT-Cog.doc
FAT與NTFS格式互轉
＊ FAT16轉FAT32
1. 使用FAT32轉換器(for Win98)
在Win98(含SE)中有提供一個FAT32轉換程式，所以Win98(含SE)的使用者可以使用它來進行轉換，在進行轉換前記住，一定要將螢幕保護程式、電源管理程式、各類常駐程式全部關閉，避免在轉換過程中造成干擾。
首先，在開始功能表中à程式集à附屬應用程式à系統工具à磁碟轉換器(FAT32)，執行磁碟轉換器，在一開始的說明畫面，直接按「下一步」，接著選擇你要轉換的磁碟代號，再按「下一步」，接下來會檢查你的系統中是否有和FAT32不相容的程式軟體，有的話就會顯示在列表中，如果有你一定要執行的重要程式，那就先不要轉換吧，如果沒有，就按「下一步」吧，然後會要求你做備份，建議不需要備份，直接按「下一步」吧，接下來會告訴你FAT轉換程式是屬於DOS程式，所以要重新開機在DOS下進行，按「下一步」重新開機吧。進入DOS模式後就會自動開始轉換了，完成後又會自動重新開機，這一步完全不用動手。再重新進入Windows後會立刻對系統做磁碟重組，以便將系統所有檔案正確的轉換到FAT32儲存，可以先睡一覺了，重組完成後會出現一個對話框，告訴你轉換已成功，按下「完成」就算大功告成了。
2. 使用Partition Magic(for WinME/2k/XP)
由於WinME已經沒有FAT32轉換程式(因該也沒有人到WinME還在用FAT16吧)，在Win2k/xp中當然也就不會有啦(此時還有人用FAT16就真的是罕見了)！所以就要借助其他軟體來完成不可能的任務(也沒有這麼嚴重啦)，在此推薦使用Partition Magic 7.0這套軟體，以下是操作說明。
安裝完軟體後，開啟程式，在左邊的視窗中會顯示你所有的磁碟樹狀結構(有點像檔案總管)，在你要轉換的磁碟上點一下滑鼠右鍵，然後在彈出的功能表中選擇「轉換(Convert)」，然後出現轉換格式選擇對話框，在此選擇FAT32然後按「OK」，接著出現一個確認對話框，請按「Yes」繼續，接著就出現Wrong對話框，告訴你必須到DOS下進行，同樣按「確定」繼續，重新開機後進入DOS就會開始轉換了，轉換完成後也會自動重新開機，再次進入Windows後就完成啦。
＊ FAT32轉FAT16
相信各位應該沒有什麼理由會需要將FAT32轉成FAT16吧！？不過為了極少數的異族，還是說明一下吧。由於FAT16最多只支援2GB的磁碟，所以如果你的容量超過2GB就無法轉換了，想當然爾，微軟也不會提供這樣的轉換程式，所以又要借助Partition Magic的幫助了。
同樣執行該軟體，再左邊的視窗中一樣選擇你要轉換的磁碟代號，在滑鼠右鍵中選擇「轉換(Convert)」，在磁碟格式選擇對話框中選擇FAT16，按「OK」繼續，關閉Partition Magic後一樣出現確認對話框，按「Yes」繼續，相同的，也必須到DOS下進行轉換，所以按「確定」吧。重新開機到DOS下後就開始轉換了，完成後會再重新開機進入Windows，轉換工作也就完成了。
＊ FAT16或FAT32轉NTFS(for Win2k/XP)
在Win 2k/XP中有內建一個Convert轉換程式，用以將檔案系統轉換成NTFS格式，操作如下：
首先在開始功能表中à附屬應用程式à命令提示字元，先進入模擬DOS的命令提示字元下，輸入如下範例的指令：
E:\>convert d:/fs:ntfs (其中d為你要轉換的磁碟代號)
然後出現一些d磁區的資訊，並檢查該磁區的相關資訊及檔案配置情形，然後就會自動開始進行轉換工作(速度還不錯)，結束後回到原來的命令提示字元下，輸入exit關閉DSO視窗就可以了。下次你再進入Windows時就會自動轉換檔案，完成後會自動重新開機，就算完成了。
如果你要轉換的磁碟為系統本身所在的磁區，會稍有不同，請看以下範例：
E:\>convert e:/fs:ntfs (假設e磁區為系統所在磁區)
輸入上述的指令後按Enter，會出現訊息告訴你，你要強制卸下磁碟區嗎?(Y/N)，輸入n
然後問你是否進行轉換?(Y/N)，請輸入y，
然後告訴你下一次重新啟動系統時，轉換會自動執行，同樣輸入exit關閉DOS視窗，下次你再進入Windows時就會自動轉換檔案，完成後會自動重新開機，就算完成了。
＊ NTFS轉FAT32(for Win 2k/XP)
1. 使用Partition Magic 7.0
如果你對於NTFS格式並不滿意，或是另有用意一定要轉回FAT32格式，在不傷及磁碟資料的前提下，可以使用Partition Magic 7.0來完成。同樣的也是先執行該軟體，在左邊的視窗中選擇你要轉換的磁區，按下滑鼠右鍵，選擇「轉換(Convert)」，在磁碟格式選擇對話框中選擇FAT32，按「OK」進行下一步，如果你使用Partition Magic 7.0英文版，就會出現一個對話框，告訴你應該使用中文版來進行轉換，否則有些中文檔案名稱可能會無法正確轉換，不過內容本身並不受影響，沒問題的話就按「確定」繼續吧。關閉Partition Magic視窗就會出現一個確認對話框，按「Yes」繼續，接著會再次警告你找到中文檔名，最好使用中文版，若無所謂就按「是(Yes)」繼續吧，然後就開始轉換了，可以看到顯示的進度百分比，完成後就可以按「OK」來結束，最後會出現要求重新開機的訊息，按「確定」後重新開機吧。
2. 用開機片進行
利用Windows 2000安裝光碟直接開機或是使用四片開機片開機，將磁區格式為FAT32，此法會把原NTFS資料刪除，請先備份資料。四片開機片製作方法，準備Windows 2000安裝光碟片、執行光碟目錄中的「BOOTDISK」中的「Makeboot.exe」、依序放入空白磁片即可製作開機片了。
3. 使用FDisk
如果是要重新安裝作業系統，資料也都備份了，那使用FDisk就可以幫你輕鬆完成了。先講解一個觀念，除了FAT格式外，在FDisk下，任何格式都被視為「非DOS磁區(NonDOS)」，所以使用開機片進入純DOS下，執行FDisk，選擇第三個選項「刪除磁區」，然後選擇第四個選項「刪除非DOS(NonDOS)磁區」，就可以將NTFS格式的磁區刪除掉，然後重新開機，使用FDisk再分割一次，將磁區分割為FAT32格式就行囉！